TEKUN Nasional telah diwujudkan hasil daripada resolusi Konvensyen Ekonomi Bumiputera Pulau Pinang pada tahun 1994 yang mencadangkan agar satu sistem penyaluran modal tambahan dengan mudah, cepat dan tidak membebankan dilaksanakan bagi mengatasi masalah akses usahawan kecil Bumiputera kepada pembiayaan perniagaan. Dalam tahun 1995, Universiti Sains Malaysia (USM) telah melaksanakan projek perintis Tabung Ekonomi Kumpulan Usaha Niaga (TEKUN) di Pulau Pinang. Seterusnya projek perintis ini dikembangkan ke Jeli, Kelantan pada tahun 1996 dan ke Besut, Terengganu pada tahun 1997. 

Berikutan kejayaan projek perintis ini, Kerajaan memutuskan projek TEKUN diperluaskan ke seluruh negara untuk manfaat usahawan kecil Bumiputera.  Bagi melaksanakan tanggungjawab ini, Yayasan TEKUN Nasional telah ditubuhkan dan diletakkan di bawah Kementerian Pembangunan Usahawan dan Koperasi ( MECD ) pada 9 November 1998 dan mula beroperasi pada 1 Februari 1999.

Selaras dengan kemajuan dan arus pemodenan, penjenamaan semula dan hala tuju baru Yayasan TEKUN Nasional pada 12 Februari 2008 telah memperlihatkan Yayasan TEKUN Nasional telah diberi nama baru iaitu TEKUN Nasional yang berperanan bukan hanya sekadar sebagai agensi memberi pembiayaan bahkan turut memainkan peranan dalam pembangunan keusahawanan dan memberikan perkhidmatan sokongan.

Berikutan penyusunan semula pentadbiran Kerajaan pada 1 April 2009, TEKUN Nasional telah diletakkan di bawah tanggungjawab Kementerian Pertanian dan Industri Asas Tani.

Kronologi Penubuhan TEKUN